克隆病的症状一般较轻，无特异性，发展也较慢，因此诊断易被延误。由于末段回肠常被累及，腹痛也因之而常在右下腹，检查时右下腹可有压痛或肌抵抗，易被误诊为急性或慢性阑尾炎。注意询问以往有无腹泻史，有助于避免此种误诊。克隆病与肠结核有相似之处，病变部位都可在近回盲部，均可有腹泻、腹痛、气胀，以及发热、周身情况差等症状。病变肠段的肉眼形态也可以相似，如肠壁水肿增厚，肠腔狭窄，浆膜面有粘连，系膜淋巴结肿大等，因此临床上及手术时鉴别诊断可以发生困难。肺部有活动性结核病灶，肠系膜淋巴结有钙化影，则有利于肠结核的诊断。如病变为多肠段性，或病变虽在末段回肠而盲肠正常，则有利于克隆病诊断。后确诊有赖于切除标本的病理切片检查。
如克隆病病变累及结肠，则诊断主要依靠纤维结肠镜检查及活检。结肠镜检查可见直肠粘膜正常，病变结肠部的粘膜充血，轻触粘膜时不像溃疡性结肠炎那样脆弱易出血。可见溃疡，溃疡之间粘膜呈现水肿。病变常为片状散在分布，有时可限于肠壁一侧。

如病变仅限于小肠时，诊断主要依靠x线检查，常规钡餐中小肠充盈不够，显示不满意；钡灌肠虽有可能使末段回肠充盈，但显示的长度很有限，因此对小肠克隆病的x线检查需要采用特殊的小肠灌钡方法。x线征可表现为：病变部位粘膜破坏或有溃疡龛影或指压痕；肠腔缩窄，狭窄近侧肠管可有扩张；病变不限于一处，而呈节段性或跳跃式；有时可发现肠与肠之间或肠与空腔脏器之间有内瘘存在。局限于末段回肠的克隆病，其x线征很难与肠结核相鉴别。

克隆病的症状主要是慢性腹泻，伴有腹痛、发热、体重下降等。与溃疡性结肠炎不同，克隆病便血不明显，可仅为隐血阳性，大量便血者少见。当病变发展至造成肠腔狭窄时，即出现不同程度的气胀、腹绞痛等肠梗阻症状。腹部检查有时可触及增厚、粘连的肠管，或梗阻近侧的胀气肠袢，或炎性肿块。

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